Pestens orsaksmedel är en liten, polymorf, fast immobiliserad stång Yersinia-pestis från familjen Enterobacteriaceae i släktet Yersinia. Har en slemhinnig kapsel, bildar inte en spore. Fakultativ anaerob. Den är färgad av bipolära anilinfärger (mer intensivt runt kanterna). Isolera råtta, markmask, gopher, flyg och sandiga sorter av pestbakterier.