Att bestämma orsaksmedlet är avgörande för att bekräfta diagnosen pneumocystos. Grundmaterialet för studien - sputum, bronkialsekret, tvättar erhållits genom tvättning av bronkerna eller lungsköljning, lungvävnadsskivor som tas av transbronchial, perkutan eller öppen biopsi. Oftast på grund av patientens allvarliga tillstånd utförs dessa manipuleringar inte för att undvika komplikationer.