Hjärnstammen är förlängningen av ryggmärgen i rostralriktningen. Den villkorliga gränsen mellan dem är den plats där de första cervicala rötterna och pyramidernas kors utgår. Stammen är uppdelad i bakre och mellersta hjärnan. Den första inkluderar medulla oblongata, hjärnbroen och cerebellum. Det är en fortsättning på den mitthjärnan, som består av hjärnan och benen quadrigemina och gränsar diencephalon (talamus, hypotalamus, subthalamus).