Att bestämma X- och Y-kromatin kallas ofta för en snabb könsdiagnostikmetod. Celler från munslemhinnan, vaginala epitelet eller hårsäcken undersöks. Cellkärnan i kvinnliga celler innehåller två diploida X-kromosomer, varav en är helt inaktiverad (spiralformad, tätt packad) redan i de tidiga stadierna av embryonal utveckling och syns som en klump av heterokromatin fäst vid kärnmembranet.