Bestämningen av antikroppar mot den mikrosomala fraktionen av sköldkörteln används för att diagnostisera autoimmun sköldkörtelit och hypotyroidism, där antikroppsnivåerna i blodet stiger. Antikroppar mot sköldkörtelmikrosomer bildar immunkomplex på cellytan, aktiverar komplement och cytotoxiska lymfocyter, vilket leder till cellförstöring och bildandet av en inflammatorisk process i sköldkörteln.